インボイス経過措置が2026年10月に変更、飲食店の仕入れへの影響

「仕入れ先の八百屋さんも、酒屋さんも、ずっと同じところにお願いしてきた。でも、その人がインボイスに登録していないと知ったのは最近のことだった」——そんな飲食店オーナーの方は、少なくありません。

2023年10月にインボイス制度が始まってから、免税事業者(インボイス未登録の仕入れ先)からの仕入れでも、消費税の一部を控除できる「経過措置」が設けられてきました。この経過措置の控除割合が、2026年10月からさらに縮小します。しかも、当初予定されていたスケジュールが2026年度の税制改正で変更され、段階が増えて期間も延びるという、少しややこしい経緯をたどっています。

「うちは本則課税だけど、何が変わるのかよく分からない」「そもそも自分の店は関係あるのか」という方に向けて、今回はこの経過措置の変更点を、飲食店の仕入れに即して整理します。

この記事の対象になる方

この経過措置が関係するのは、消費税の申告方式が「本則課税」の飲食店です。「簡易課税」や「2割特例」を選んでいる場合、仕入れ先がインボイス登録事業者かどうかによって控除額が変わる仕組みではないため、直接の影響はありません。まずご自身の店がどちらの方式かを確認してください。分からない場合は、直近の消費税申告書の控えを確認するか、顧問税理士に聞くのが確実です。

免税事業者からの仕入れに関する経過措置とは

インボイス制度の下では、原則として適格請求書発行事業者(インボイス登録事業者)以外からの仕入れは、消費税の仕入税額控除ができません。ただし、制度開始直後にすべての事業者がインボイスに対応するのは現実的でないため、免税事業者などインボイス未登録の相手からの仕入れであっても、一定割合を「みなし控除」できる経過措置が設けられています。

飲食店で言えば、次のような仕入れ先がインボイス未登録の免税事業者であるケースが典型です。

• 個人で営む近所の八百屋・魚屋・肉屋
• 小規模な酒屋・地酒の蔵元との直接取引
• 市場の個人仕入れ先、朝市・産直での現金仕入れ
• フリーランスの配達スタッフ、内装や設備の個人業者への支払い

これらの相手からの仕入れは、インボイス(適格請求書)を受け取れないため、本来は消費税を全額控除できません。しかし経過措置により、一定期間・一定割合であれば控除が認められています。

2026年10月から控除割合が変わる

この経過措置は、当初「2023年10月〜2026年9月:80%控除」「2026年10月〜2029年9月:50%控除」「2029年10月以降:控除なし」という3段階のスケジュールで設計されていました。

ところが2026年度の税制改正により、このスケジュールが見直され、80%からいきなり50%に下がるのではなく、間に70%・30%の段階を挟む5段階方式に細分化されました。あわせて、経過措置そのものの終了時期も後ろ倒しになっています。改正後のスケジュールは次のとおりです(年は西暦、期間はいずれも10月1日から翌々年9月30日まで)。

つまり、今年(2026年)の10月1日をまたぐタイミングで、免税事業者からの仕入れに対する控除割合が「80%」から「70%」に下がります。控除できる割合そのものは、当初予定されていた「いきなり50%」よりは緩やかになりましたが、それでも段階的に負担は増えていく設計です。どの割合が適用されるかは、実際に「課税仕入れを行った日」がどの期間に属するかで判定されるため、9月中に取引を終えるか10月にずれ込むかで扱いが変わる点にも注意してください。

※この改正内容は国税庁の案内や税制改正情報でも随時更新されています。具体的な期間・割合は、必ず最新の国税庁の案内でご確認ください。

具体的にどれくらい負担が増えるのか

数字で見てみます。免税事業者である酒屋から、税込11万円の仕入れをしたケースを考えます。

控除できない部分は、そのまま店の消費税の納税額に上乗せされます。1回の取引では小さな差でも、年間を通じて免税事業者からの仕入れが多い店(個人商店との取引が中心の店、地方の小規模な酒蔵と直接取引している店など)では、決して無視できない金額になります。

特に、次のような飲食店は影響を受けやすい傾向にあります。

• 食材の多くを個人経営の商店・市場の個人仕入れ先から仕入れている店
• 地酒・地ビールなど、小規模な蔵元・醸造所と直接取引している店
• 内装工事や厨房機器の修理を、インボイス未登録の個人業者に依頼することが多い店
• デリバリーの配達を、個人のフリーランスに委託している店

店として今のうちにできること

1. 仕入れ先がインボイス登録事業者かどうかを棚卸しする

まずは主要な仕入れ先について、インボイス登録事業者かどうかを一覧にしてみましょう。請求書や領収書に記載された登録番号(T+13桁の数字)の有無で確認できます。仕入れ額の大きい相手から優先的に確認するのが効率的です。

2. 免税事業者の仕入れ先とは、取引条件を相談する余地がないか考える

長年の付き合いがある個人商店に「インボイスに登録してほしい」と一方的に求めるのは現実的でない場合も多いはずです。ただ、控除できない消費税分をどちらがどう負担するかは、双方の関係性の中で相談できる余地があります。無理に取引を切る必要はありませんが、負担の変化を店として把握しておくことは重要です。

3. 帳簿・レジのインボイス区分設定を確認する

会計ソフトやPOSレジで、取引先ごとに「インボイス登録あり/なし」の区分を設定している場合、控除割合の設定が2026年10月をまたいで自動的に切り替わるか、事前に確認しておきましょう。設定が旧いままだと、80%基準で計算され続けてしまうおそれがあります。

4. 帳簿の保存要件を満たしているか再確認する

経過措置の適用を受けるには、区分記載請求書等と同様の事項が記載された請求書等の保存に加え、帳簿にも一定の記載(経過措置の対象である旨など)が必要です。レシートや請求書を保存するだけでなく、帳簿側の記載も税理士や会計ソフトの設定と合わせて確認してください。

年間の仕入れ額で見ると、どれくらいの差になるか

もう少し具体的にイメージするために、免税事業者からの仕入れが年間でまとまった金額になるケースを試算してみます。あくまで消費税相当額の控除できない部分の「増加分」の目安であり、実際の納税額は他の仕入れや売上の状況によって変わりますので、正確な金額は税理士にご確認ください。

金額の規模自体は「控除割合が10ポイント下がる」という変化なので、極端に大きく跳ね上がるわけではありません。ただし、これは2026年10月の1回だけの変化ではなく、2028年10月に50%、2030年10月に30%、2031年10月に0%と、この先も段階的に負担が重くなっていく制度です。今のうちから仕入れ先の構成を把握し、数年単位で影響を見積もっておくことに意味があります。

よくある質問

Q. うちは「2割特例」を使っています。関係ありますか。

2割特例は、売上に係る消費税額の2割を納税額とする簡便な計算方法で、仕入れ先がインボイス登録事業者かどうかによって納税額が変わる仕組みではありません。そのため、この経過措置による直接的な影響はありません。ただし2割特例には適用期間の制限があるため、将来的に本則課税に戻ることになった場合は、あらためて仕入れ先の状況を確認する必要があります。

Q. 簡易課税を選んでいますが、確認は不要ですか。

簡易課税も、みなし仕入率で納税額を計算する方式のため、個々の仕入れ先がインボイス登録事業者かどうかは計算に影響しません。この経過措置を意識する必要があるのは、実額で仕入税額控除を計算する「本則課税」の事業者です。

Q. 仕入れ先に「インボイスに登録してください」とお願いしてもいいのでしょうか。

お願いすること自体は問題ありませんが、一方的に登録を強要したり、登録しないことを理由に著しく不利な取引条件を押し付けたりすると、独占禁止法や下請法上の問題になり得るとされています。長年の取引先であれば特に、価格や取引条件は双方の合意のもとで話し合うのが基本です。判断に迷う場合は、税理士や中小企業向けの相談窓口に相談することをおすすめします。

Q. 経過措置の適用を受けるために、何か特別な届出は必要ですか。

新たな届出書の提出は不要です。ただし、区分記載請求書等と同様の記載がある請求書等の保存と、帳簿への一定事項の記載が要件となります。日々の記帳の中で、免税事業者からの仕入れであることが分かるように区分しておくことが実務上のポイントです。

棚卸・まかない・少額資産との関係にも注意

インボイスの経過措置は仕入れ先の登録状況に関する話ですが、飲食店の消費税・経費まわりでは、これ以外にも年度によって数値が変わる制度がいくつもあります。まかないの取り扱いや、厨房機器を購入したときの少額減価償却資産の特例などは、いずれも国税庁の最新の案内で確認すべき代表例です。個別の経費区分については、下記の一覧記事も参考にしてください。

▶ 飲食店が経費にできるもの・できないもの一覧

まとめ

• 免税事業者からの仕入れに関する消費税の控除割合(経過措置)は、2026年10月1日から80%→70%へ縮小する。
• 2026年度の税制改正により、当初の「80%→50%」の一気の切り替えから、「80%→70%→50%→30%→0%」の5段階方式に見直され、終了時期も後ろ倒しになった。
• 対象となるのは消費税の本則課税を選んでいる店。個人商店や小規模な蔵元など、免税事業者との取引が多い飲食店ほど影響が大きい。
• 今のうちに、主要な仕入れ先のインボイス登録状況を確認し、会計ソフト・レジの設定が新しい割合に対応しているか点検しておくことが大切。
• 具体的な期間・割合・要件は改正情報を含むため、必ず国税庁の最新の案内で確認すること。

この記事の内容でご不明な点や、自店の仕入れ先の状況に当てはめた具体的な判断が必要な場合は、飲食店の確定申告ドットコム(道濟会計事務所)にご相談ください。

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▶ 経費の判断に迷ったら：飲食店が経費にできるもの・できないもの一覧